Der FC Wacker Innsbruck wurde am 21. Juni 2002 als FC Wacker Tirol in Innsbruck gegründet. Der Verein entstand als Nachfolgeverein des ehemaligen FC Tirol und trägt seit 2007 wieder den Namen FC Wacker Innsbruck.

Nach dem Einstieg in den österreichischen Ligabetrieb gelang dem Verein rasch der Weg zurück in den Profifußball. In der Saison 2003/04 wurde der FC Wacker Tirol Meister der zweitklassigen Ersten Liga und stieg in die Bundesliga auf.

In der Saison 2026/27 spielt der FC Wacker Innsbruck in der 2. Liga. Die Rückkehr in den Profifußball wurde im Mai 2026 fixiert.

Die Heimstätte des FC Wacker Innsbruck ist das Tivoli Stadion Tirol in Innsbruck. Das Stadion verfügt über 16.008 Plätze.